Основним завданням Інституту є проведення фундаментальних та прикладних наукових досліджень з метою одержання нових наукових знань у галузі гідробіології, гідроекології, іхтіології, охорони водних живих ресурсів, раціонального природокористування з урахуванням прогнозів та світових тенденцій розвитку науки і техніки, кон’юнктури ринку науково-технічної продукції.
У 2016 році Президією НАН України були затверджені такі основні наукові напрями досліджень інституту:
"Гидробиологический журнал" - наукове періодичне видання, засновниками та правовласниками якого є Національна академія наук України та Інститут гідробіології НАН України. Перший номер "Гидробиологического журнала" вийшов у світ у лютому 1965 р.
Основне тематичне спрямування журналу - гідробіологія та гідроекологія. Наукове обличчя журналу визначається насамперед оригінальними повідомленнями, які відображають результати конкретних досліджень авторів.
На сторінках видання друкуються статті з прісноводної та морської гідробіології та гідроекології, водної флори і фауни, висвітлюються актуальні теоретичні й прикладні питання рибного господарства та аквакультури, санітарної гідробіології, інженерної та технічної гідробіології, водної мікробіології, екологічної фізіології та біохімії водяних тварин і рослин, водної токсикології та радіоекології, гідропаразитології, екологічної гідрології, гідрохімії та інших суміжних з гідробіологією дисциплін.