Свій початок історія Інституту гідробіології бере у 1909 році, коли при Київському товаристві любителів природи поблизу Києва на Трухановому острові з’явилась невеличка будівля Дніпровської біологічної станції – однієї з найперших у Європі.
У 1921 році Дніпровська біологічна станція увійшла до складу Академії наук УРСР. За рішенням Президії Всеукраїнської академії наук 13 лютого 1934 р. станція була перетворена на Гідробіологічну станцію. В травні 1939 року сесія Академії наук Української РСР прийняла рішення про перейменування Гідробіологічної станції в Гідробіологічний інститут. Владне рішення про створення Інституту гідробіології було прийнято в 1940 р (Постанова Ради народних комісарів УРСР №696 від 23 травня 1940 р.).
Директори інституту:
Першим директором Дніпровської біологічної станції став проф. М.О. Кеппен (1909–1910 рр.).
У 1920–1921 рр. обов’язки завідувача станцією виконував проф. М.Г.Холодний (З 1929 р. – академік АН УРСР). Деякий час тут працював В.І.Вернадський, перший президент Всеукраїнської академії наук.
Директором станції з 1922 по 1937 рр. був відомий учений іхтіолог і гідробіолог проф. Д.Є.Белінг.
З 1937 року Гідробіологічну станцію, а з 1939 р. – Гідробіологічний інститут, очолив член-кореспондент АН УРСР Я.В. Ролл, який був директором інституту до 1959 р.
У 1959-1973 рр. – академік АН УРСР О.В.Топачевський:
у 1974-1975 рр. – Л.Я.Сіренко, у 1975-1979 рр. – В.І.Малюк.
У 1980 р.- 2016 р. – академік НАН України В.Д.Романенко.
З 2016 р. інститут очолює член-кореспондент, д.б.н., проф. С.О. Афанасьєв
Історичні етапи
Історія Інституту гідробіології НАН України невід’ємно пов’язана із розвитком гідробіологічних досліджень у світі та у значній мірі визначалась тими складними проблемами і завданнями, які ставило перед наукою суспільство і рішення яких було неможливе без проведення глибоких фундаментальних теоретичних і практичних досліджень академічних інститутів.
В історії інституту можливо виділити п’ять етапів, що характеризують поступову еволюцію проблем, відповідних ним пріоритетних напрямків досліджень, ускладненням концептуальних, методологічних підходів, розширенням методичного арсеналу.
І етап. 1909–1939 рр. Накопичення первинного зоологічного, ботанічного, гідробіологічного, іхтіологічного матеріалу, головним чином водойм та водотоків поблизу м. Києва. Створення передумов для трансформації біологічної станції в Інститут гідробіології Академії наук.
ІІ етап. 40–50-ті роки. Основна проблематика досліджень пов’язана із дослідженнями рибопродуктивності природних і штучних водойм з метою забезпечення потреб економіки у високоцінних харчових продуктах. Досліджувалась кормова база риб, розвивалось ставкове господарство, були здійснені заходи по вселенню кормових організмів (понто-каспійців) у дніпровські водосховища, з метою підвищення їх рибопродуктивності. Водночас, продовжувались флористичні та фауністичні дослідження континентальних водойм, було проведено широке гідрохімічне обстеження різноманітних водних об’єктів України, започатковано санітарно-гідробіологічні дослідження, пов’язані із забрудненням органічними речовинами і біогенами та підвищенням сапробності водних об’єктів. На цьому етапі переважали описові гідробіологічні дослідження, які проводились окремо спеціалістами різного профілю.
ІІІ етап. 60-70-ті роки. Основна проблематика досліджень – „чиста вода”, якість води. На перший план виходить глобальна проблема водозабезпечення населення, промисловості і сільського господарства. Почалась епоха зарегулювання, перерозподілу і перекидання стоку річок. Водозабезпечення зіштовхнулось з проблемою зниження якості води внаслідок виникнення біологічних перешкод („цвітіння” води та обростання гідротехнічних споруд). Посилилось антропогенне забруднення водойм стічними водами з широким спектром різноманітних речовин.
На цьому етапі історії інституту дослідження стають комплексними. Для рішення виниклих проблем було виконано ряд фундаментальних і прикладних гідробіологічних досліджень Дніпра та його водосховищ, водойм Дунаю. Розвиток теплової та атомної енергетики викликав необхідність проведення гідробіологічних досліджень водойм-охолоджувачів ТЕС, АЕС, ТЕЦ та ін. Фахівцями інституту робляться перші кроки у прогнозуванні гідробіологічного режиму, якості води та біоперешкод на стадії проектування штучних водних об’єктів.
ІV етап. 80-ті–1991 р. Основна проблематика – екологічна оцінка впливу на водні екосистеми природних і антропогенних факторів. Головною концепцією став екосистемний підхід: дослідження біотичної складової водних екосистем у взаємозв’язку з абіотичною компонентою. Були розроблені методологія та методи прогнозування екологічного стану водних об’єктів України на основі принципів ОВОС (оцінка впливу на оточуюче середовище). На основі розроблених принципів було здійснено екологічну оцінку великомасштабних гідротехнічних проектів: ВГК Дунай–Дніпро, перекриття Дніпровсько-Бузького лиману, перекриття Дністровського лиману та ін. Глобальне забруднення водного середовища вимагало розвитку екотоксикологічного напрямку і зосередження уваги гідрохімії на кругообіг речовин токсичної природи. Подальший розвиток атомної енергетики та аварія на Чорнобильській атомній електростанції обумовили прискорений розвиток радіоекологічних досліджень.
У цей період були узагальнені гідробіологічні дослідження основних водних об’єктів України, отримані в 50-70-ті роки. Ці узагальнені результати стали надійним фундаментом для прогнозування та розробки ОВОС.
V етап. 1991 р. – по теперішній час. Подолання економічних труднощів перехідного періоду після розвалу СРСР і утворення незалежної України супроводжувалось зміною концептуальних поглядів. У зв’язку з приєднанням України до основних світових конвенцій зі збереження природного середовища, на одне з провідних місць виходить проблема збереження біорізноманітності, дослідження якої потребує з’ясування механізмів функціонування природних та порушених екосистем. У зв’язку з євроінтеграційними намаганнями України, в гідробіологічні дослідження поступово впроваджуються сучасні принципи оцінки екологічного стану водних об’єктів, що лежать в основі Водної рамкової директиви ЄС 2000/60. Сучасна оцінка стану водних екосистем базується на басейновому принципі, пріоритеті біологічних показників у індикації та застосуванні принципу дослідження і порівняння референсних (непорушених, природних) систем з тими, що оцінюються.