Нагороди
Державна премія України в галузі науки і техніки
Цикл праць «Наукові основи екологічної оцінки впливу гідротехнічних об'єктів на водні екосистеми з метою управління якістю води та біопродуктивністю» відзначено Державною премією України в галузі науки і техніки (В. Д. Романенко, О. П. Оксіюк, В. М. Жукинський, Ф. В. Стольберг, В. І. Лаврик, 1995 р).
За підручник «Основи гідроекології» (2001) Державною премією України в галузі науки і техніки нагороджено академіка НАН України Романенка В.Д., 2004 р.
Державна премія України в галузі науки і техніки 2013 року за цикл наукових праць «Розробка наукових основ та методів біоіндикації і біомоніторингу природних екосистем України» (у складі авторського колективу завідувач відділу іхтіології та екології річкових системд.б.н. С.О. Афанасьєв);
Державна премія України в галузі науки і техніки 2017 року за роботу "Оцінка, прогнозування та оптимізація стану водних екосистем України", (у складі авторського колективу співробітники Линник П.М., Протасов О.О., Щербак В.І.).
Премії НАН України імені видатних учених України
Премією Академії наук України ім. В. Я. Юр’єва за цикл робіт по вивченню механізмів адаптації гідробіонтів (В. Д. Романенко, 1984)
Премією Національної академії наук Україниім. І. І. Шмальгаузена за цикл робіт «Екологічні основи біотехнологій відтворення риб і безхребетних в аквакультурі» (В.Д. Романенко, Ю. Г. Крот, В. Д. Соломатіна, 2002).
Премією Національної Академії наук Україниім. І. І. Шмальгаузена відзначено цикл праць «Раритетна іхтіофауна як показник екологічного стану річок України» (Афанасьєв С.О., Гончаренко Н.І., Долинський В.Л., 2011.)
Державні нагороди
Почесною Грамотою Верховної Ради України: Кузьменка Михайла Ілліча, првідного наукового співробітника відділу прісноводної радіоекології, д.б.н., 2018
Орденом князя Ярослава Мудрого V ступеня нагороджено Романенка Віктора Дмитровича, директора Інституту гідробіології НАН України, академіка НАН України, 2015.
Подякою Прем’єр-міністра України: Тімченка Володимира Михайловича, д.г.н., 2013
Почесною Грамотою Верховної Ради України: Гудкова Дмитра Ігоровича, завідувача відділу прісноводної радіоекології, д.б.н., 2015
Грамотою Верховної Ради України: Плігіна Юрія Васильовича, старшого наукового співробітника відділу екології водоймищ, к.б.н., 2015.
Премії Президента України для молодих вчених
Премією Президента України за роботу "Алгоритми цілісної оцінки річкових та лиманних екосистем України" (Білоус О. П., Іванову Н. О., 2017).
Інші відзнаки
Почесна відзнака «Народна шана українським науковцям 1918–2018» Міжнародної академії рейтингових технологій і соціології «Золота фортуна»: Афанасьєв Сергій Олександрович, член-кореспондент НАН України, 2018
Премія академій наук України, Білорусі та Молдови за видатні наукові результати, отримані при виконанні спільних наукових досліджень за цикл робіт «Вплив антропогенних чинників на водні екосистеми в умовах змін клімату» (від України авторський колектив був представлений академіком НАН України В.Д. Романенком – директором інституту та співробітниками установи – д.б.н. О.О. Протасовим і к.б.н. А.А. Силаєвою), 2014.
Премія імені академіка А.В. Думанського для молодих учених (присуджена науковому співробітнику відділу гідрохімії к.г.н. Жежері В.А. за проект «Вплив абіотичних факторів на колоїдно-хімічні процеси в водних системах», 2014).
Диплом та медаль «20 років незалежності України» Міжнародної академії рейтингових технологій і соціології «Золота фортуна» (нагороджено заступника директора із загальних питань С.М. Малину, 2012).
Нагороду «Енергійна планета 2015» («EnergyGlobe 2015») отримав проект ЄС «Включення питань зміни клімату в управління вразливими екосистемами: водно-болотні і лісові екосистеми Полісся» отримали співробітники Інституту гідробіології НАН України д.б.н. Афанасьєв С.О., к.б.н. Лєтицька О.М., к.б.н. Щербак С.Д., пров. інж. Голуб О.О.